El género Eimeria e Isospora se caracterizan por tener dos membranas, son ooquistes sin esporular y esporulados miden de 8 al 50 micras, segun la especie del género y de la especie animal. Los ooquistes esporulados del género Eimeria spp son 4 esporoblastos y 2 esporozoítos cada uno. Isospora el ooquiste tiene dos esporoblastos y 4 esporozoítos. Son de formas redondas, esféricos, ovalados, elipsoidales con colores de transparente, amarillo, anaranjado y rosa.